尽管医药行业被认为是一个资金雄厚的行业，但调查显示，大多数医药企业对信息化投资比较谨慎。相对于改制、GMP（药品生产质量管理规范）认证等行业强制规范性行为来说，医药企业的信息化更多是一种自发行为。那些已经顺利改制又通过GMP认证的企业，对信息化比较积极主动，有实力的企业甚至做完了ERP（企业资源计划），正计划做供应链管理（SCM）、客户关系管理（CRM）、分销管理（DRP）。而正忙着改制或进行GMP认证的企业，对信息化就显得不那么迫切。尽管不同医药企业的信息化水平差距悬殊，但就整个医药行业的信息化而言，总体上仍属于低层次应用的水平，并没有达到很好的应用效果。

据国家信息中心2004年组织的一项调查，目前我国医药企业信息化达到国际先进水平的不足1％，有近三成的医药企业仍停留在单机应用的起步阶段，总体建设水平不高。因此，目前中国医药企业信息化建设水平尚处于初级阶段。

该项调查显示，医药制造企业每百人拥有30台（含）以上计算机的占14．86％；20～29台的占9．14％；10～19台的占28％；10台（不含）以下的占42．29％，其中1台以下的占1．14％。调查还显示，当前中国医药企业信息化建设当中可采用的标准规范仍较为混乱，许多企业的信息化建设是在没有明确标准或采用所谓企业自身标准的情况下展开的。我国政府在“十五”医药行业信息化建设专项规划中确定的第一阶段目标仍未完全实现。也正是因为企业内部产品编码、管理编码等技术标准和规范不统一，造成企业内部“信息孤岛”无处不在、系统不能集成、资源不能共享的局面，严重制约了医药企业信息化建设和应用。

从资金投入上看，打算在信息化方面增加投入的企业数量呈稳定增长态势。其中，与2003年相比，2004年有35％的增幅，2005年达到58％的增幅。这一方面说明有越来越多的医药企业愿意加大其在信息化建设方面的投入，另一方面也说明医药行业优胜劣汰的形势将愈加严峻。从拟建项目和无打算项目排序来看，医药企业对客户关系管理、企业资源规划、办公自动化、供应链管理和电子商务的需求较为强烈，而对计算机集成制造系统、计算机辅助制造系统、计算机辅助工程分析等软件需求较少，这块市场仍需要培养。统计数据表明，对中国医药企业而言，当前对CAD、CAE、CAM、CAPP、CIMS、PDM、MIS等项目兴趣不大，不过，“拟建”普遍处于其次的选择也表明，这些项目（尤其是CIMS、MIS、SCM、KM和电子商务项目）有着较大的市场潜力，需要软件提供商加大市场开发的力度。被调查医药企业在回答“企业网站主要用途”一项中，回答用作“发布信息”的占11．7％；“未建网站”的占18．4％；同时选“发布信息”和“客户联系”占24．7％；同时选“发布信息”、“客户联系”和“洽谈业务”的占15．5％；选“网上销售”、“网上采购”或“网上支付”的比例均小于3％。以上数据说明，中国医药电子商务总体水平不高，中小企业电子商务还没有真正起步。被调查的制药企业中，对本企业信息化建设“较满意”的占34．29％；“不满意”的占32％；“不好说”的占23．4％；“满意”的占8．57％。这些数据表明，当前医药行业信息化建设机遇和挑战并存。若不正视存在的问题和薄弱环节，将制约我国医药产业的发展与改革。

为了适应制药行业的激烈竞争和全球经济一体化的发展需要，中国的医药企业管理要实现由粗放向集约的转变，以达到提高企业运营效率、全面提升公司综合竞争能力的目的，必然要通过信息化建设建立对市场快速反应的企业运营机制：利用信息集成建立财务动态预算管控体系；加强核心业务分析，提高系统管理能力；加速业务流程运转，提高劳动生产效率；有效控制库存占用，充分利用资源；提高企业决策层对信息的分析和决策能力。有关专家指出，医药行业未来的一些热点将集中在成长性强的中、大型企业，而且信息化建设呈现广、细、全的特点。全，指的是企业实施ERP将不满足个别模块的实施，而倾向于人、财、物、产、供、销全方位上线，并且扩展至CRM（客户关系管理）及DSS（决策支持系统），形成真正支持企业持续发展的信息平台。细，指的是必须适应管理细化的要求，信息采集、控制、分析能具体到每一个环节和步骤。广，不仅能满足GMP认证要求，还能够实现相关联的追踪、查询；不仅能够科学地整合企业自有资源，而且能够整合企业供应链上的资源（供应商、客户和渠道）。